E' sicuramente l'ultima testimonianza dell'antica residenza in palazzo tradizionalmente dotata di ormeggio. Il suo inserimento nel percorso di navigazione è funzionale alle finalità del progetto in quanto da lì sono immediatamente raggiungibili alcuni uffici pubblici quali il tribunale e la Prefettura, ma anche una parte importante di quello che si va definendo come il sistema dei musei del Lungarno di Pisa costituito dal Museo Nazionale di San Matteo, Museo Titta Ruffo (presso il teatro Verdi), la Chiesa di San Pietro in Vinculis e la Chiesa di San Silvestro.
 

 
Attualmente al Museo sono visibili talune raccolte monografiche: le ceramiche medievali, la Pittura pisana dei secoli XII e XIII, in cui è inserito il ciclo delle Croci dipinte, la scultura e la pittura del secolo XIV e del secolo XV. La raccolta delle ceramiche medievali conserva la più ricca serie di bacini ceramici medievali utilizzati come elementi decorativi sulle pareti esterne delle chiese pisane. La pittura a Pisa del XII e XIII secolo, è presente col ciclo delle Croci dipinte, con le opere di Berlinghiero Berlinghieri, Giunta di Capitino, detto Pisano, opere della famiglia dei Tedice e del Maestro di San Martino, tutte provenienti dalle più antiche chiese cittadine. A sottolineare l'importantissima funzione della miniatura è presente la Bibbia del Monastero di San Vito, detta Bibbia di Calci. La scultura pisana nei secoli XII - XV è rappresentata dal bellissimo polittico di Simone Martini, proveniente dalla chiesa di Santa Caterina d'Alessandria d'Egitto, dalla Natività di Tino da Camaino, dalla Madonna del Latte di Andrea e Nino Pisano. Notevolissime sono inoltre alcune opere lignee di Francesco di Valdambrino e Agostino di Giovanni. La pittura nel secolo XIV e XV presenta opere di Francesco di Traino, Lippo Menni, Buonamico Buffalmacco, di cui si ricorda il ciclo a fresco del Camposanto monumentale, Spinello Aretino, Taddeo di Bartolo e altri grandi pittori dell'epoca, mentre più specificamente legate al secolo XV vi sono opere di artisti assai più noti quali Masaccio con il San Paolo, Gentile da Fabriano, Giovanni da Fiesole, meglio conosciuto come Beato Angelico, Benozzo di Lese detto il Gozzoli e Domenico Ghirlandaio. In questa sezione sono inoltre presenti terracotte invetriate della scuola dei Della Robbia ed infine l'eccezionale busto-reliquia di San Lussorio, opera di Donatello.

 
Il palazzo fu originariamente della famiglia dei Lanfranchi, ma subì notevoli modifiche architettoniche da parte di Alessandro della Gherardesca. Nell 1821-22 questo palazzo ospitò Lord Byron e la cerchia dei suoi amici, al tempo in cui Pisa venne definita "paradiso degli esuli". Oggi il palazzo è sede dell'archivio di stato e conserva molti documenti della storia medievale pisana. Vi si conservano anche gli Statuti dei Mestieri i documenti della vita comunale fino al 1865 e quelli relativi alle più importanti famiglie pisane e dei Cavalieri di Santo Stefano.